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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已屏幕上显示出大范围的生物工程活力性，以及抗肉瘤和抗病力毒用。通畅，三萜是按照甲羟戊酸路线结合的，并从天然水植被和真菌感染中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学研究分析文献综述。该科学研究分析发觉三萜类类化合物野生灵芝粉酸（GA）是采用药液培育的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物制品制品转换带来的。在转录组和核蛋白酶组学枝术进一点宇宙探索无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT带来四种野生野生灵芝酸（GA）的系统，并跟据几组学枝术检查到的性别对比分析遗传基因和性别对比分析核蛋白酶，推算DHT 生物制品制品镶嵌 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功用定义

根据对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体做出转录组测序共收获67230个转录本和1429七个单表观遗传。在这部分单表观遗传中，495个被鉴定会为性别差异表示表观遗传（DEGs），在这在这其中213个表示上涨，279个表示下降（图1A）。GO含有进行定量分析后，DEGs包含生物学阶段（BP）、細胞物质（CC）和原子作用（MF）3类。在BP类目中，发现了前3个子类目：抗菌药分解成细胞系排泄阶段，乙酸盐细胞系排泄阶段和甲酸盐细胞系排泄阶段;而在CC类目中，細胞外区、突触软型体、突触机构是前3个亚类。这对于MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）活力、腐蚀复原酶活力和酸氨（或酰胺）连结酶活力是前3个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG径路进行定量分析中，前30条含有度最快的径路有27条是细胞系排泄，在这在这其中二氧化氮细胞系排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐细胞系排泄、丙酸盐细胞系排泄信息径路偏态含有（图1D）。

图1|转录成分析和系统分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经由对无柄虫草念珠菌菌丝体去核核蛋清酶质组学剖析，一共来确定了16,457种独特性肽、2606种核核蛋清酶质和2588种参考值核核蛋清酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的选择要求下，这里2606种核核蛋清酶质中，94种被鉴定会为性别不同表述核核蛋清酶（DEPs），中间52种上涨，42种上涨（图2A），图2C屏幕上体现了性别不同表述核核蛋清酶的聚类分折法剖析热图。从GO剖析看，BP种类屏幕上体现，大多半数DEPs对其进行乙酸盐消化吸收时候、消炎药分离消化吸收时候和性药物分离消化吸收时候。CC类DEPs在神经元外区、过脱色物酶体和微体中总额更高的人，脱色恢复备份酶灵特异性和甲酸脱氢酶（NAD）灵特异性在MF类中DEPs的占比更高的人（图2B）。与转录组报告单同类，KEGG径路剖析屏幕上体现，不少DEPs在消化吸收中含有，中间3条最含有的路经是光合微生物学中的碳规定、碳消化吸收和MAPK网络信号径路（图2D）。再者，经由剖析GO信息库的CC对DEPs去亚神经元精准定位剖析和标注（图2E），DEPs主要的的布置在神经元质（40.66%）、神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs微生物学自动合成的主要的的地方。

图2|核蛋白组的按量研究分析和的功能核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物应用和比较组得票数DEGs和DEPs自制了维恩图，有20个性别差异表达爱爱DNA（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组一共的DEGs/DEPs做好聚类算法阐述，知道mRNA和蛋清质范围内有14个调整DNA和4个再降DNA，DEGs与之英译的DEPs表达爱爱情况呈正涉及，因为Pearson的涉及指数阐述，在转录组和蛋清质组范围内检测工具到相对比较较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测导致屏幕上显示，E组和C组1个DEGs的形容标准对比分析差异性，在这当中9个为上浮DEGs，3个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容的趋势与转录类物质析导致一样。

图3|核胆固醇组的降钙素原检测定性分析和工作查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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