
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用遮盖球蛋白组学产品,实现1000+艰深度遮盖位点检测,安全稳定再次出现经典英文靶点,全位子生信定量分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“表明”到“认可”全注意事项业务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验室步奏
02、亲测信息
03、经“点”逆转
在测试统计数据中,检测两个参考文献中曝光的有趣靶点和衣康酸呈现位点,如第1个被发展的衣康酸共价呈现淀粉酶KEAP1,还在糖酵解径路中的3个核心酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,或是炎性小体分解成淀粉酶NLRP3和内部萎缩进程中的核心淀粉酶RIPK3等,其质谱图详细图如图。
04、服务共同点
1.多沉质控
商业运作化特情人探测器孵育、SDS-PAGE探测、WB效验、范本相应的性剖析等甲乙双周边所有地方探测,为了确保该项目的结果安全可靠系数。2.高的性能质谱实验室设备软件平台
在Orbitrap Astral全新这一代高分别质谱仪提升下,做到衣康酸性反应呈现位点及蛋白酶评定新程度,助推器小学科学的研究新出现 。3.全步骤流程一走式服务培训
对于拜谱怪物进一步完善的实验报告游戏平台,可保证“细胞核培养教育→探头孵育→WB探测→深奥度衣康过酸遮盖探测→独有生信研究分析→特殊位点PRM安全验证”全流量贴心服务,省时保持平衡更干净省心。05、具体分析项目(一些)
06、技术应用导向
PART 2、专著介绍
医学文献一
英文版文章标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
繁体中文版头:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
分析方式:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
论文二
日文网站标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文翻译大标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
研究探讨介绍:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、案例分析延伸思绪
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13兼具极强的底物通过意识,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱动物衣康硝化作用体现组亲测动态数据中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康硝化作用遮盖(详细图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人总结
是TCA循环系统中的中部基础细胞消化吸收物,衣康酸控制基础细胞消化吸收、抗体性和发炎直接的主动做用,为制疗抗体性发炎性消化道病症给出了替代品制疗原则。衣康酸空间结构类型中的亲电性α,β-不饱和状态羧酸空间结构类型能对胆固醇质上的活性酶类半胱氨酸残基做烷基化呈现语(迈克尔加上表现),这类译为后呈现语被是指“衣康酸呈现语(itaconation)”,继而引响胆固醇质功能性,国家宏观调控抗体性回应和基础细胞消化吸收经过,为很多消化道病症口服药物新产品研发给出新设想。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸体现蛋清组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床医学绝对化定量分析靶点分解代谢组(QMT1000)或能源分泌靶向治疗分泌组產品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
选取文献综述
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.